Štyri mesiace po neočakávanej záchrane New Yorku je Mohinder Suresh na prednáške v Káhire o ľuďoch s nadprirodzenými schopnosťami kontaktovaný Firmou. Matt Parkman sa rozviedol a spolu s Mohinderom sa stará o Molly, ktorá trpí nočnými morami. Nathan Petrelli podlieha alkoholizmu a viní sa zo smrti svojho brata. Angela Petrelli a Kaito Nakamura obdržia "čierne znamenie". Teleportovaný Hiro spoznáva svojho hrdinu Takezo Kenseia, ktorý možno nie je tak hrdinský, ako by ho chcel mať...

Po smrti Kaita Nakamuru sa Matt Parkman vydá pomôcť ostatným ôsmim v ohrození. Claire sa pokúša zakryť svoje ozdravné schopnosti, ktoré odhaľuje jeden z jej spolužiakov v Kalifornii, ktorý má vlastné tajomstvo. Niki a Micah opustia Las Vegas, aby začali odznova. Firma požaduje od Dr. Suresha, aby vystopoval Haiťana, ktorý je nakazený vírom. Maya a Alejandro sú stále na úteku a pri prechode cez Mexiko sa ich schopnosti preukážu hrozbou pre ostatných. Medzitým sa Hiro, sklamaný svojím hrdinom Kenseiom, odhodlá odčiniť všetku škodu, ktorú spôsobil svojím príchodom do feudálneho Japonska. A ďalší hrdina sa pridáva ku gangu írskych gangsterov, aby odhalil svoju minulosť.

V epizóde sa objaví Sylar spolu s jednou hrdinkou, ktorá ho zachránila. Ich spojenectvo ale dlho nevydrží, no Sylara čaká prekvapivé zistenie. Peter je nútený pomôcť zločincom pri vlámačke a objaví novú schopnosť. Mohinder zachárni jedného zomierajúceho hrdinu a Niki sa pridá k záporákom.

Konečne sa objaví Nana (Nichelle Nichols) a jej neter Monica (Dana Davis) ako DLova rodina, ktorá sa postará o Micaha v Nikinej neprítomnosti. Monica predstaví novú nečaknaú schopnosť. Americkí študenti Derek a Maya nájdu Sylara ležať tvárou dolu v mexickej púšti a zachránia ho. Povie im, že sa volá Gabriel Gray a jeden z jeho záchrancov si to čkoskoro škaredo odnesie. Tiež sa odhalí identita Mollynho "strašiaka", ktorý je rodinne spriaznený s hrdinom, od ktorého by ste to najmenej čakali...

V Írsku sa stratený hrdina pokúsi preniesť cez minulosť, ale zistí, že záhadná žena - Elle - je ochotná zabiť, aby ho našla. Matt a nečakaný spojenec letia do Philadelphie, aby porazili "strašiaka", ale zistia, že sú v početnej menšine. Monica sa pokúša vyrovnať so svojími novými schopnosťami a jej úlohou miestnej hrdinky. Suresh spoznáva svojho nového partnera a dostane znepokojujúcu úlohu. Pán Bennet sa snaží ochrániť svoju rodinu. A kým sa Hiro pokúša napraviť dejiny, Ando sa z historických prameňov snaží zistiť, čo sa stalo s jeho priateľom.

West presvedčí Claire, aby dala šikanujúcej kapitánke roztlieskavačského družstva poznať, kto je tu jedinečný. Kým Suresh čelí vážnej morálnej dileme s Firmou, pán Bennet navštívi svojho ruského mentora v snahe nájsť Isaacove ostatné veštecké obrazy. Medzitým sa dominikánski súrodenci blížia k hraniciam a Alejandro má z Gabriela Graya čoraz horší pocit, zvlášť čo sa jeho zámerov s Mayou týka. Peter a Caitlin hľadajú záhadné dvere, ktoré Peter namaľoval v slabšej chvíľke, ktoré ich zavedú na to posledné miesto, kde by to čakali. Vo feudálnom Japonsku sa Hiro pokúša napraviť dejiny a zároveň bojuje so svojimi citmi k Takezovej princeznej Yaeko.

Keď sa nečakane prejaví jedna zo zabudnutých schopností, Peter a Caitlin sa dostanú do krízovej situácie a z prvej ruky zistia, ako môže byť záhadný Shanti vírus smrtiaci. Suresh, Matt, Nathan, Niki a Bob sa spoja, aby odrazili útok "muža z nočných môr". Napriek Clairinej snahe udržať to pod pokličkou sa West dozvie, že ho uniesol práve jej otec. Medzitým Hirova a Takezova cesta naberie dramatický a záverečný zvrat.

Vrátime sa v čase o štyri mesiace a odhalia sa tajomstvá tejto série. Nathan ťažko zaplatí za svoje hrdinské činy. Kým Peter prežije svoju detonáciu nad New Yorkom, Firma ho uväzní ako hrozbu sveta, čo nakoniec vedie k násilnej konfrontácii s Elle a Haiťanom. DL podstúpi pre Niki a Micaha najvyššiu obetu. Maya prvýkrát prejaví svoju schopnosť, čím prinúti seba a Alejandra vydať sa na cestu do New Yorku za pomocou. Predstaví sa nám záhadná, no i tak známa tvár.

Pán Bennet je presvedčený, že im je Firma na stope, a preto pripravuje svoju rodinu na útek. Ale Claire má svoje plány. Medzitým sa Hiro vráti z minulosti a dozvie sa o smrti svojho otca. Vráti sa do minulosti a čaká ho omračujúci osobný objav. Po svojom prvom stretnutí s Elle učiní Mohinder rozhodnutie, ktoré môže zmeniť životy ľudí. Matt zápasí so svojimi narastajúcimi mentálnymi schopnosťami. Vzťah Maye a Alejandra prejde skúškou počas ich ciest so Sylarom. Peter stretne niekoho, kto by mohol odomknúť jeho minulosť.

Peter cestuje do Primatech Paper v Texase, aby so svojím novým priateľom zničil vírus, ktorý v budúcnosti zabije 93 percent ľudskej populácie... respektíve to si myslí. Niki sa vracia k Micahovi so zlými správami. Aby napravila zlé skutky, Monica otestuje svoje schopnosti, kým Hiro ide po vrahovi svojho otca. Medzitým Matt použije svoje schopnosti, aby našiel poslednú osobu z fotografie Firmy. Okrem toho sa Nathan dozvie, že jeho brat žije. Pred New Yorkom si musí Maya zvoliť medzi Sylarom a Alejandrom.

Diabolské duo Petrelli & Kensei sa bez väčších ťažkostí dostanú k vírusu. Na scénu ale prilieta (doslova) Peterov starší brat a náš milovaný super-policajt Parkman, ktorému dala mamička Petrelli pár dobrých rád o tom, ako zabiť jej deťúrence. Medzi tým epizódu balancuje druhý príbeh - epos o Micahovom ukradnutom batohu, ktorý sa pokúsi Monica vypáčiť z rúk pouličného gangu. Neuspeje, zajmú ju a Niki ju musí ísť zachrániť. Okrem toho podnikne Sylar návštevu k Mohinderovi a Molly sa stáva jeho rukojemníkom. Budovy vybuchujú! Guľky lietajú! Veronika Marsová zachráni svet!